Para controlo laboratorial dos resíduos, existe dentro do CITRI, um laboratório de ensaios (Laboratório de Ensaios do CITRI - LEC), que executa também algumas das análises de monitorização ambiental. Encontra-se implementado desde 2003 um Sistema da Qualidade, segundo a Norma NP EN ISO/IEC 17025. O Sistema da Qualidade encontra-se acreditado para alguns dos métodos de ensaios realizados, pelo Instituto Português de Acreditação (IPAC). O LEC detém o Certificado de Acreditação n.º L0338.

Em 2007 foi alargado o âmbito da acreditação para mais parâmetros de análise de resíduos nomeadamente os metais pesados.