O CITRI tem implementado um Sistema Gestão Ambiental (SGA) segundo os referenciais EMAS II (Regulamento (CE) n.º 761/2001 e Regulamento (CE) 196/2006) e da norma NP EN ISO 14 001, tendo em 2005 obtido a certificação e o respectivo registo EMAS.

Segundo os critérios estabelecidos no Regulamento EMAS II o CITRI elabora anualmente a Declaração Ambiental (PDF 3,1Mb) encontrando-se também disponível para consulta no site do Instituto do Ambiente. A declaração ambiental fornece ao público e a todas as partes interessadas, informações de carácter ambiental relativas ao impacte e desempenho ambientais e à melhoria contínua do desempenho ambiental do CITRI. Estas informações são validadas anualmente pelo verificador ambiental.

Em 2002 foi constituída uma Comissão de Acompanhamento, cujos membros são representantes de algumas partes interessadas, com o objectivo de acompanhar o comportamento ambiental do CITRI. Esta comissão reúne com uma periodicidade trimestral ou extraordinariamente sempre que se justifique sendo constituída pelas seguintes entidades:
 

Ambimed
  Câmara Municipal de Setúbal
  Direcção Regional de Saúde – Delegação de Setúbal
  Escola Superior de Tecnologia de Setúbal
  Junta de Freguesia das Praias do Sado
  Liga dos Amigos de Setúbal e Azeitão
  Quercus
  Serviço de Engenharia Sanitária

 












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EMAS - Gestão ambiental verificada NP EN ISO 14001